1878
г. избухва Кресненско-Разложкото въстание на македонските българи срещу
османската власт с цел присъединяване към Княжество България. Българите
от Македония изпращат до правителствата на Великите сили и Временното
руско управление петиции, мемоари и молби, с които протестират срещу
решението техните земи да останат в пределите на Османската империя.
На 8 септември в Рилския манастир се провежда съвещание. На него
присъстват Натанаил Охридски, Димитър Попгеоргиев, Ильо Марков и войводи
от вътрешността на Македония.
В изпълнение на взетото решение в пограничните с Турция райони се
създава местно опълчение, което поема охраната на границата. На 5
октомври сборен отряд от около 400 въстаници, разделен на чети, под
общото командване на Стоян Карастоилов (Стоян войвода) и Адам Калмиков
атакува турския гарнизон, разположен при кресненските ханове. След
18-часово сражение, турската войска се предава. Пленени са 119 войници и
двама офицери.
Освободени са редица села. Освен в Кресненското дефиле въстанически
действия започват в Неврокопско, Демирхисарско, Серско, Малешевско и пр.
В началото на ноември въстанието обхваща и селата от Разложката
котловина. Но въпреки проявения героизъм турците преминават в
настъпление. На 11 ноември 1878 г. е опожарена Кресна. Същата участ
постига още 12 села от Кресненското дефиле. Към края на ноември е
разгромено въстанието и в Разложко.
По десния бряг на река Струма въстаническите действия продължават до
февруари 1879 г., но разколът в ръководството оказва силен негативен
резултат. В този момент в Македония идва Стефан Стамболов. Той и Никола
Обретенов настояват да се използва опитът от Априлското въстание от 1876
г. и апостоли да подготвят населението за бъдещите въстанически
действия.
В разгара на въстаническите боеве по инициатива на Натанаил Охридски и
въстаническото ръководство е изпратена една делегация в Учредителното
събрание в Търново. Тяхната задача е да изразят горещото желание на
всички жители българи от Македония за обединение с България, но без
успех. През април 1879 г. една сравнително голяма чета преминава
турската граница с цел да даде сигнал за въстание около Битоля.
Въстаниците остават изолирани и не могат да спрат настъплението на
турските войски. На 25 май 1879 г. Натанаил Охридски разпуска четите и
въстанието е прекратено.
Поражението на въстанието и жестокостите на турската войска и башибозук
над населението принуждават над 25 000 души от Мелнишко, Горноджумайско,
Разложко и други краища на Македония да напуснат родните си селища и да
потърсят убежище в Княжество България.