1878 г. избухва Кресненско-Разложкото въстание на
македонските българи срещу османската власт с цел присъединяване към Княжество
България. Българите от Македония изпращат до правителствата на Великите сили и
Временното руско управление петиции, мемоари и молби, с които протестират срещу
решението техните земи да останат в пределите на Османската империя.
На 8 септември в Рилския манастир се провежда съвещание. На
него присъстват Натанаил Охридски, Димитър Попгеоргиев, Ильо Марков и войводи
от вътрешността на Македония.
В изпълнение на взетото решение в пограничните с Турция
райони се създава местно опълчение, което поема охраната на границата. На 5
октомври сборен отряд от около 400 въстаници, разделен на чети, под общото
командване на Стоян Карастоилов (Стоян войвода) и Адам Калмиков атакува турския
гарнизон, разположен при кресненските ханове. След 18-часово сражение, турската
войска се предава. Пленени са 119 войници и двама офицери.
Освободени са редица села. Освен в Кресненското дефиле
въстанически действия започват в Неврокопско, Демирхисарско, Серско, Малешевско
и пр. В началото на ноември въстанието обхваща и селата от Разложката
котловина. Но въпреки проявения героизъм турците преминават в настъпление. На
11 ноември 1878 г. е опожарена Кресна. Същата участ постига още 12 села от
Кресненското дефиле. Към края на ноември е разгромено въстанието и в Разложко.
По десния бряг на река Струма въстаническите действия
продължават до февруари 1879 г., но разколът в ръководството оказва силен
негативен резултат. В този момент в Македония идва Стефан Стамболов. Той и
Никола Обретенов настояват да се използва опитът от Априлското въстание от 1876
г. и апостоли да подготвят населението за бъдещите въстанически действия.
В разгара на въстаническите боеве по инициатива на Натанаил
Охридски и въстаническото ръководство е изпратена една делегация в
Учредителното събрание в Търново. Тяхната задача е да изразят горещото желание
на всички жители българи от Македония за обединение с България, но без успех.
През април 1879 г. една сравнително голяма чета преминава турската граница с
цел да даде сигнал за въстание около Битоля. Въстаниците остават изолирани и не
могат да спрат настъплението на турските войски. На 25 май 1879 г. Натанаил
Охридски разпуска четите и въстанието е прекратено.
Поражението на въстанието и жестокостите на турската войска
и башибозук над населението принуждават над 25 000 души от Мелнишко,
Горноджумайско, Разложко и други краища на Македония да напуснат родните си
селища и да потърсят убежище в Княжество България.