1915 г. са направени първите снимки на Плутон.Всъщност Плутон е открит от астронома Клайд Томбо в обсерваторията Ловел, Аризона, САЩ на 18 февруари 1930 г., когато той сравнява две фотографски плаки направени съответно на 23 и 29 януари. Впоследствие планетата е намерена на фотографии, най-старите от които са били заснети на 19 март 1915 г. Томбо открива Плутон докато търси неизвестната планета X, причиняваща отклонения в орбитата на Нептун.
В действителност обаче тези „отклонения” са били причинени от недостатъчната точност, с която масата на Нептун е била известна тогава.
Макар и формално да носи името на римския бог Плутон, името на планета е избрано така, че да съдържа инициалите на астронома Пърсивал Ловел, който предсказва съществуването на планета отвъд орбитата на Нептун. Името „Плутон” е предложено от Виниша Бърни - единадесет годишно момиче от Оксфорд, Англия.
През 1978 г. американският астроном Кристи обърна внимание, че фотографският образ на планетата е удължен и голямата ос на образа се върти със същия период. След време се изясни, че това удължаване на образа се дължи на спътник, разположен много близо до планетата. Спътникът бе наречен Харон (по името на митичния лодкар, превозващ душите на умрелите през реката Стикс в царството на мъртвите).
Любопитен факт е, че до 24 август 2006 г. Плутон се смяташе за деветата планета от Слънчевата система. Поради малките си размери, наклона на орбитата спрямо слънчевия екватор и ексцентричната си орбита, заради която понякога се намира по-близо до Слънцето от Нептун, обаче се спореше дали Плутон трябва да се разглежда като планета. Статутът му от планета беше променен в планета-джудже след като бяха открити три небесни тела, подобни на него, които претендираха да бъдат десета планета и учените решиха, че е по-добре да махнат него, отколкото да добавят други планети.