Градът е едно от най-големите пристанища в Южна Япония и е от голямо значение във войната поради широко вариращата си промишлена дейност, включително производството на снаряжението, военната екипировка на кораби и други военни материали.
На 1 август 1945 г. много бомби със силен експлозив са хвърлени върху града. Няколко от тези бомби опустошават корабостроителници и области в югоизточната част на града, включително сградите на известната фирма „Мицубиши Мотърс”. Шест бомби попадат на територията на Медицинския комплекс в Нагасаки, като три от тях са директно върху сградата.
Вредата от тези бомби е малка, но създава паника в Нагасаки и много хора, най-вече ученици, от провинциалните области са отведени на безопасни места и затова населението на града значително намалява преди ядрената атака.
Сутринта на 9 август излита американски стратегически бомбардировач - B-29 „Суперфортрес”, на борда на който е ядрена бомба (6,4-килограмово ядро от плутоний-239 с взривен еквивалент от около 21 килотона тротил). Първостепенната цел е град Кокура, а второстепенната - Нагасаки.
Пристигайки над Кокура, с половин час закъснение, лошите метеорологични условия (70% облачност) не позволяват изпълнението на атаката. След три обиколки над града и поради намаляване на количеството гориво, бомбардировачите се насочват към второстепенната цел - Нагасаки, където в 11.01 ч. е извършена бомбардировката.