1982 г. служителят на БГА „Балкан” в Рим - Сергей Антонов, е арестуван от италианските власти по обвинение за участие в подготовката на атентата срещу Йоан Павел II. Антонов прекарва в ареста над четири години.Покушението срещу Йоан Павел II е извършено от турския гражданин Мехмед Али Агджа на 13 май 1981 г. на площад „Св. Петър” във Ватикана. Докато излиза на площада папата е прострелян четири пъти и претърпява загуба на голямо количество кръв. Агджа е задържан незабавно и по-късно осъден на доживотен затвор от италианския съд.
По това време Сергей Антонов е служител в бюрото на Българска гражданска авиация „Балкан” в Рим. Той е задържан от италианската полиция по обвинение в съучастие на атентатора Агджа, който посочва като свои съучастници още двама българи - Желю Василев и Тодор Айвазов, които са служители на посолството на България в Италия, но към този момент се намират в София.
Следствието, към което той е привлечен, продължава две години и половина. Процесът започва през май 1985 г. и завършва през март 1986 г. На него Сергей Антонов отрича да е познавал Агджа и да е участвал в предполагаемия заговор. Освободен е поради липса на доказателства. Завръща се в България на 1 април 1986 г. Здравето му обаче е съсипано. Известно време продължава да работи на куриерска длъжност в авиокомпания „Балкан”, след което е пенсиониран по болест.
Любопитен факт е, че по молба на папата Агджа е помилван от италианския президент Карло Чампи през юни 2000 г., но е репатриран в турски затвор, където да лежи за извършеното от него убийство на турски журналист за което е осъден в родината си. Впоследствие е освободен.