1959 г. Ернесто Че Гевара е назначен за председател на националната банка на Куба. Той е един от ръководителите на Кубинската революция.Че Гевара става свидетел на концентрираната политическа власт в ръцете на Фидел Кастро. Зараждат се нови антикомунистически движения и протести, които заплашват да свалят режима на Кастро. На 7 октомври Ернесто Гевара е назначен за ръководител на Индустриалния департамент към Кубинския национален институт за аграрни реформи, а на 26 ноември за председател на Националната банка на Куба.
След завземане на властта в Куба през 1959 г. Ернесто Рафаел Гевара де ла Серна е назначен за прокурор на революционен трибунал, който екзекутира стотици служители на предишния режим, обвинени във военни престъпления. Той също така създава трудово-възпитателни лагери. Заема различни важни постове в правителството на Куба - президент на националната банка, главнокомандващ на кубинските революционни въоръжени сили и дипломат, като по същото време пише няколко теоретични труда за революцията и партизанската борба.
През 1965 г. се отказва от кубинското си гражданство и всичките си постове в държавата и заминава най-напред за Конго, а след това за Боливия, където се опитва неуспешно да помогне на революционната партизанска борба и да разпали нови социални революции. Две години по-късно е заловен от ЦРУ при специална военна операция и убит. Тленните му останки са открити едва след 30 години и са пренесени в Куба.
Любопитен факт е, че смъртта му го прави изключително популярен по цял свят и го превръща в универсален символ на революционните движения, контракултурата и бунта срещу социалните неправди. До ден днешен името и делата му са предмет на много спорове, противоречия и страсти. Някои го считат за герой и светец, а други за убиец и престъпник.