1967 г. ден след като е заловен, Че Гевара е екзекутиран за опит да предизвика революция в Боливия. Ернесто Рафаел Гевара де ла Серна е аржентински и кубински революционер, политик, лекар, дипломат, лидер на партизански движения в Латинска Америка и Африка и един от ръководителите на Кубинската революция.
След завземане на властта в Куба през 1959 г. е назначен за прокурор на революционен трибунал, който екзекутира стотици служители на предишния режим, обвинени във военни престъпления. Той също така създава трудово-възпитателни лагери. Заема различни важни постове в правителството на Куба - президент на националната банка, главнокомандващ на кубинските революционни въоръжени сили и дипломат, като по същото време пише няколко теоретични труда за революцията и партизанската борба.
През 1965 г. се отказва от кубинското си гражданство и всичките си постове в държавата и заминава най-напред за Конго, а след това за Боливия. В 1966 г. Боливия се управлява от военна диктатура начело с генерал Рене Бариентос Ортуньо, който сваля избрания за президент Виктор Пас Естенсоро с преврата от 4 ноември 1964 г. и слага край на революцията от 1952 г. По искане на Кастро, Комунистическата партия на Боливия купува земя в джунглата, в отдалечените планински райони, която да служи като тренировъчен лагер. Че пристига там на 7 ноември 1966 г., денят, в който започва Боливийския дневник. Преди това преоблечен като свещеник, отива да се срещне с Хуан Перон, заточен в Мадрид, но опитите да получи подкрепата на перонистите е безуспешен.
Преди да замине за Боливия, Гевара променя външния си вид, като бръсне брадата си и част от косата си, а останалата посивява, за да изглежда по-възрастен и неразпознаваем. На 3 ноември 1966 г. той тайно пристига в Ла Пас с полет от Монтевидео, Уругвай под името Адолфо Мена Гонсалес, уругвайски бизнесмен.
В групата му са 47 партизани, които приемат името Армия за национално освобождение, мнозинството, по-точно 26 са боливийци, но има и 16 кубинци от най-близкия кръг на Гевара, както и трима перуанци и двама аржентинци. Той има и групи за подкрепа в градските райони, но почти нищо не е направено, за да се създаде армия от истински партизани с подкрепата на местното селско население.
Първият базов лагер се установява в отдалечения район Нанкауазу. Подготовката не протича по план, крие опасности и малко е направено по съставянето на партизанска армия. С него е бившата служителка на ЩАЗИ Тамара Бунке Бидер, за която се предполага, че е служила и като агент на КГБ. Въпреки премеждията, 47-те партизани на Че са добре екипирани и бележат няколко победи през пролетта и лятото на 1967 г. На 9 март 1967 г. двама дезертьори дават сведения за лагера на боливийското правителство.
Това дава повод на правителствените сили да искат съдействието на САЩ и съседните страни. По показанията на дезертьорите ЦРУ открива лагера и по направените снимки идентифицира Че. Партизаните са принудени да напуснат лагера, за да избегнат обсадата на боливийската армия. На 23 март те постигат и първата си победа, защото редовната армия няма опит в тези планински терени. Партизаните обаче нямат вече редовна радиовръзка с Хавана. Доставените предаватели са дефектни, липсва организация и някои историци подозират саботаж. Гевара дава първа медицинска помощ на ранените боливийски войници, след което ги освобождава.
Че разделя силите си на 17 април, за да могат да изпращат съобщения до Куба и аржентинските комунисти. Хуан Акуня е поставен от Гевара за командир на втората колона. И двете групи не могат да се намерят три дни по-късно, защото Акуня е принуден да се движи по различен маршрут поради близостта на боливийската армия. При липса на място за среща и на алтернативни средства за комуникация между тях, те никога не се срещат отново.
По това време Ернесто Гевара пише послание към народите на света, което е прочетено по време на срещата на трите континента (Азия, Африка и Латинска Америка) в Куба, в което той изразява най-радикалните си твърдения: предлага глобална отворена война срещу САЩ, като приканва за създаването на „два, три... много Виетнами”.
На 20 април са заловени двама от партизаните - Сиро Бустос и Режи Дебре. И двамата са измъчвани от правителствените сили и предоставят информация, с която се потвърждава присъствието на Че в Боливия. Те се споразумяват с ЦРУ след изтезанията и по всяка вероятност (макар да няма писмени доказателства) предоставят чертежи и информация, с които правят възможно залавянето на Че Гевара по-късно. И двамата по-късно живеят в изгнание.
Гевара мисли, че има работа само с боливийската армия, която е зле обучена и зле екипирана. Но правителството на САЩ след като научава местоположението му, изпраща ЦРУ и специалните части за обучение и подкрепа на военните. През май армията арестува селяни, заподозрени в подпомагане на партизаните и премахва от всички околни болници лекарствата срещу астма.
На 1 август са изпратени двама агенти на ЦРУ, американци от кубински произход, за да засилят издирването. Това са Густаво Вийолдо и Феликс Родригес, които участват в инвазията в Залива на свинете. На 31 август колоната на Акуня, в която е и Таня, е нападната, докато пресича реката и унищожена. Жив остава само Реституто Кабрера, но по-късно, на 4 септември е заловен и екзекутиран.
През септември е предприета масова атака срещу партизаните от страна на боливийската армия, която успява да унищожи още една група. Последният контакт с градската част на ELN е осъществен на 15 септември. Последният член на тайните служби на Куба ненадейно и необяснимо напуска. За разлика от Конго, в Боливия не е направен нито един опит от страна на Куба за спасяване или помощ на Че Гевара. Изолирани, физически изтощени, без вода за пиене и храна, партизаните понякога трябва да носят своя водач, който страда от ужасни пристъпи на астма. Пътят им е пресечен от реката Рио Гранде, затова групата е принудена да се изкачи в планините в малкото селце Ла Игера, където в засада загиват трима души на 26 септември. Останалите живи 17 души се оттеглят и на 7 октомври тръгват отново към Рио Гранде. На 8 октомври е битката при местността Кебрада де Юро, близо до град Вайегранде, Боливия, където раненият Че попада в плен.
При залавянето, раненият на две места Гевара, чийто пистолет е станал напълно негоден за употреба, се провиква: „Не стреляйте! Аз съм Че Гевара и струвам много повече жив, отколкото мъртъв”. Той е вързан и закаран в кирпиченото училище на близкото село Ла Игера в нощта на 8 октомври. През първата половина на следващия ден отказва да бъде разпитван от боливийските офицери и разговаря само с боливийските войници. Един от тези боливийски войници, пилотът на хеликоптер Хайме Ниньо де Гусман, описва външността на Че като ужасна. Според него, Че има огнестрелна рана в десния прасец, косата му е сплъстена от мръсотия, дрехите му са скъсани, а ходилата му са покрити с необработени кожи. Въпреки посърналия външен вид, според него Че се държи с високо вдигната глава, гледа всеки в очите и единственото нещо за което моли, е тютюн за пушене. Гусман му дава тютюн и лула.
По-късно през нощта на 8 октомври, Гевара, въпреки че е с вързани ръце, успява да отблъсне боливийския офицер Еспиноса и го запраща в стената, след като последният се опитва да грабне лулата от устата му и да я запази за сувенир. В друг акт на неподчинение и незачитане, Гевара се изплюва в лицето на боливийския генерал Угартече малко преди екзекуцията.
На следващата сутрин, на 9 октомври, Ернесто Че Гевара пожелава да види учителката на селото, 22-годишната Хулия Кортес. Тя по-късно го описва като „приятен мъж с мек и ироничен поглед“ и заявява, че е много трудно да го гледа човек в очите, защото неговият поглед е „непоносим, пронизващ, и напълно спокоен.“ По време на краткия им разговор става въпрос за окаяното състояние на училището и контраста с Мерцедесите, които правителствените служители карат.
По-късно същата сутрин на 9 октомври боливийският президент Рене Бариентос издава заповед Гевара да бъде убит. Заповедта е дадена най-вече по настояване на Феликс Родригес, въпреки желанието на правителството на САЩ Че да бъде разпитан в Панама. Палачът е Марио Теран, сержант от боливийската армия, който сам доброволно изявява желание да застреля Че като отмъщение за тримата му приятели, убити в престрелка с партизанската група на Ернесто Че Гевара. Не се знае точната причина за незабавното убийство на аржентинския революционер, но се предполага, че ЦРУ се бои от възможността за неговото бягство от затвора и иска да избегне драмата на едно съдебно дело.
Мигове преди екзекуцията, боливийски войник го пита дали мисли за собственото си безсмъртие. „Не”, отговоря той: „Мисля за безсмъртието на революцията”. Когато сержант Теран влиза в колибата, Че Гевара му казва: „Знам, че си дошъл да ме убиеш. Стреляй, страхливецо! Ще убиеш само човек!”. Теран се колебае за миг, след което открива огън с полуавтоматична пушка и го ранява в ръцете и краката. Гевара се гърчи и превива на земята, очевидно захапвайки една от китките му, за да не извика от болка. След това палачът му стреля още няколко пъти и го ранява смъртоносно в гърдите в 13.10 ч. Гевара е прострелян общо девет пъти - пет пъти в краката, в дясното рамо и ръката, веднъж в гърдите, и накрая в гърлото.
Месеци по-рано, по време на последната си публична декларация на Конференцията на трите континента, той пише собствената си епитафия: „Където и да ни изненада смъртта, нека е добре дошла, но при условие че този наш боен вик ще достигне нечие възприемчиво ухо и една друга ръка ще се протегне да овладее нашите оръжия”.
